Viena seniausių bažnyčių Kaune pradėta statyti apie 1492-uosius, o užbaigta  apie 1502 m. XVI a. pab. ir XVII a. bažnyčia  ir vienuolynas patyre tris gaisrus. 1655 metais didžiulio 1624 metų gaisro suniokotą bažnyčią nusiaubė rusų kariuomenė.

1921  ir 1936 metais bažnyčia  buvo remontuojama. 1950 m. sovietų valdžia  bažnyčią uždarė  ir pavertė vaistų sandéliu.

Atgavus nepriklausomybę, 1992 m. baznyčią perėmė Kauno miesto savivaldybė.